1、查找案件的線索難。從瀆職犯罪的特點可以看出,主觀上有些為了小集團利益,怕丟了“大獎牌”,不愿意移送或提供案件線索;客觀上有的認為這是工作失誤,是內部矛盾,是官僚主義,不是瀆職犯罪,加之怕影響工作的積極性,根本不會移送線索。
2、證據的調查取證難。有的地方或部門為了自身利益,不愿意配合,加之保護層厚,查辦下邊的就會去找上邊的保護層和關系網,要取得證據十分的困難。
3、查處犯罪的環節多。公安機關偵查往往是“以事找人”,如發生了殺人案件,在確定現場后,就去找人、查找兇手,最終確定兇手。而對檢察機關來說,是“以人去找事”,如有人舉報貪污的人后,就去查找貪污的事實、手段等。而瀆職犯罪的查處,他的環節比較多,先有結果,再去查責任;有責任,再去查產生責任的原因;有原因,再去查這個人應該承擔什么刑事責任。因此,環節較多,并且每個環節都必須有證據,形成證據鏈后才能確認犯罪事實是否成立。這也是收集證據比較難的一個原因。
4、瀆職犯罪案件的形式有其特點。表現為:第一,案案都有大量的書證和物證,特別是物證。如造成嚴重后果的樓房倒塌、違法發放林木采伐許可證、環境監管失職等。第二,案案都有現實的危害性,并且這種危害性有危害后果和結果。第三,每個瀆職犯罪案件都是由國家機關工作人員故意或過失造成的,行為和結果之間有必然的因果關系。