1月3日人民網2007年8月首次提交全國人大常委會審議,其后向社會公布征求意見。自9月5日至10月10日共收到通過網絡、信件提出的意見1400多件，全國人大常委會法律委員會、法制工作委員會在此基礎上對草案作了一些重要修改，進一步強化了地方政府保護水環境的責任和對污染水環境的處罰力度。 強調優先保護飲用水水源 中共十七大以后，中國的環保工作進一步明確要把保障群眾飲用水安全作為首要任務。 有些常委委員和地方、群眾提出，為確保人民群眾的飲水安全，應當將保護飲用水水源作為水污染防治的優先目標。同時，除了嚴格控制工業污染、農業面源污染外，還應嚴格控制城鎮生活污水對水體的污染。為此，在修訂草案二次審議稿第三條中增加了“優先保護飲用水水源”和嚴格控制“城鎮生活污染”的規定。 實行水環境保護考核評價制度 一些意見認為，修訂草案總則第四條中規定，地方政府應當將水環境保護納入國民經濟和社會發展規劃，并對本行政區域的水環境質量負責，是不夠的。還應對地方政府完成水環境保護目標的情況進行考核評價。 因而，在二次審議稿中新增了一條規定：“國家實行水環境保護目標責任制和考核評價制度，將水環境保護目標完成情況作為對地方人民政府及其負責人考核評價的內容。” 建立水環境生態保護補償機制 有些常委委員和地方、群眾提出，為鼓勵保護水環境，統籌區域發展，對一些為保護水環境作出貢獻的位于水源上游的經濟不發達地區，應通過財政轉移支付等方式給予生態保護補償。 二次審議稿遂增加了一條規定：“國家通過財政轉移支付等方式，建立健全對位于飲用水水源保護區區域和江河、湖泊、水庫上游區域的經濟不發達地區的水環境生態保護補償機制。” 嚴禁私設暗管和其他偷排行為 針對一些地方和企業私設暗管或采取其他方式偷排廢水、污水的的行為，一些常委委員和有的地方提出，應明確規定嚴格禁止這類行為。 二次審議稿即新增了“禁止私設暗管或采取其他規避監管的方式排放水污染物”的規定，并增加了應負相應法律責任的規定。 超標排污最高處排污費五倍罰款 修訂草案第七十二條規定：向水體排污超過排放標準或者總量控制指標的，責令限期治理，處10萬元以上100萬元以下罰款；限期治理期間應當限制生產、限制排放；逾期未完成治理任務的，責令關閉。不少意見提出，10萬元至100萬元的超標排污罰款，不能充分體現“過罰相當”的原則，也難以解決“違法成本低”的問題。對超標排污行為，應按其嚴重程度確定罰款數額，超標排污越嚴重，罰款數額應越大。 二次審議稿對此作了如下修改：一是對超標排污者，處應繳納排污費數額二倍以上五倍以下的罰款；二是對限期治理期間，通過限制生產、限制排放不能消除對環境嚴重危害的，可責令停產整治；逾期未完成治理任務的，由有關人民政府責令關閉。 造成污染將承擔民事賠償 不少意見認為，解決環境污染“違法成本低”的問題，不能僅靠大幅度提高罰款數額，更應進一步完善環境污染損害的民事責任制度，讓污染者對所造成的污染損害承擔應負的民事賠償責任，賠償數額可能比罰款數額還大。這樣更有利于解決污染問題，也有利于切實保護受害者的合法權益。 二次審議稿為此作了一些補充。如依據民事訴訟法的有關規定和水污染損害賠償訴訟的特點，增加規定：“因水污染危害受到損失的當事人人數眾多的，可以依法由當事人推選代表人進行訴訟；環境保護主管部門和有關社會團體可以依法支持因水污染危害受到損失的當事人向人民法院提起訴訟。”“國家鼓勵法律服務機構和律師為水污染損害訴訟中的受害人提供法律援助。”“因水污染引起的損害賠償責任和賠償金額的糾紛，當事人可以委托環境監察機構提供監測數據。環境監測機構應當接受委托，如實提供有關監測數據。”（黃抗生鄂平玲）
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