１、從瀆職犯罪的主觀方面來(lái)看，有的領(lǐng)導(dǎo)干部缺乏對(duì)瀆職犯罪嚴(yán)重性、重要性的認(rèn)識(shí)，沒(méi)有把懲治瀆職犯罪這種不揣腰包的腐敗提高到應(yīng)有的位置上看待。從理念上講，一個(gè)傳統(tǒng)觀念，認(rèn)為瀆職是內(nèi)部矛盾、是工作過(guò)失行為，理念上已經(jīng)脫離了當(dāng)前的實(shí)際，以致以保護(hù)干部的工作積極性為由，對(duì)檢察機(jī)關(guān)的查處工作進(jìn)行干擾。有的地方和部門領(lǐng)導(dǎo)干部從自身利益出發(fā)，搞地方或部門主義，即使發(fā)現(xiàn)瀆職犯罪線索他們既不舉報(bào)，也不報(bào)告，更不移送材料。他們認(rèn)為把瀆職犯罪查處了，就會(huì)被追究領(lǐng)導(dǎo)責(zé)任。雖然瀆職犯罪得到了查處，但得到的是小獎(jiǎng)牌，丟掉的是大獎(jiǎng)牌。所以從利益的角度來(lái)說(shuō)，他就不會(huì)支持檢察機(jī)關(guān)去查處瀆職犯罪，就回千方百計(jì)地阻撓檢察機(jī)關(guān)查辦瀆職犯罪。可見(jiàn)，從領(lǐng)導(dǎo)干部和社會(huì)角度來(lái)看，整體的認(rèn)知程度較低。　
 
　　２、瀆職犯罪的主體是“有權(quán)人”，他們手中掌握了國(guó)家的權(quán)利，代表了國(guó)家的形象，而我們計(jì)劃經(jīng)濟(jì)的東西還存在，權(quán)大于法的信仰到處都是，要查處瀆職問(wèn)題難度很大，這個(gè)問(wèn)題構(gòu)成我們懲治瀆職犯罪的非常大的障礙。

　　３、從瀆職犯罪的客觀方面講，瀆職犯罪主體是國(guó)家機(jī)關(guān)工作人員。從現(xiàn)行刑罰工作的情況看，主體雖然僅限于國(guó)家機(jī)關(guān)工作人員。但這些人員手中都有一定的權(quán)利，屬于“實(shí)力派、實(shí)權(quán)派”，他們的文化素質(zhì)較高，社會(huì)關(guān)系廣，關(guān)系網(wǎng)密，保護(hù)層厚，如要查辦他們的瀆職犯罪難度相當(dāng)大。特別是檢察機(jī)關(guān)在查辦司法人員和行政執(zhí)法人員瀆職犯罪時(shí)，這些人熟悉辦案的法律和程序，對(duì)辦案的要求、手段十分了解。因此，他們自我保護(hù)，反偵查的水平較強(qiáng)，增加了查處的難度和取證的難度。
 
　　４、瀆職犯罪本身比較復(fù)雜，涉及的責(zé)任人員多，適用的法律法規(guī)廣，各種法律責(zé)任和行政責(zé)任交織在一起。所以，要查處這種復(fù)雜案件，在取證上比較困難，在人員素質(zhì)的要求上相對(duì)較高。

　　５、瀆職犯罪往往和地方保護(hù)主義相關(guān)。在瀆職犯罪的背后，有大量的地方保護(hù)主義存在，所以在處理中容易遇到地方權(quán)利的抵制，他們以發(fā)展地方經(jīng)濟(jì)為借口，即使產(chǎn)生嚴(yán)重后果，也不追究。在處理中容易遇到地方權(quán)利的抵制，給檢察機(jī)關(guān)獨(dú)立行使檢察權(quán)帶來(lái)一定的難度。

　　６、觀念上“君貴民輕”的思想還比較嚴(yán)重。　　　
 
　　７、所有的瀆職犯罪案件所針對(duì)的是國(guó)家機(jī)關(guān)工作人員，而在很多案件中，國(guó)家機(jī)關(guān)工作人員的身份很難界定。比如，有的國(guó)家機(jī)關(guān)換個(gè)民義辦公司，有的國(guó)家機(jī)關(guān)工作人員不顧國(guó)家禁令，一身二任，在企業(yè)中擔(dān)任實(shí)職。　　　
 
　　８、瀆職犯罪的法律關(guān)系大都非常復(fù)雜，有時(shí)候涉及整個(gè)地區(qū)或整個(gè)行業(yè)，牽涉很多人員，給案件的定性帶來(lái)困難。

　　９、由于以上原因所決定，懲治瀆職犯罪的成本很高，一個(gè)案件拖幾年是經(jīng)常的事情，影響了打擊的力度。　
 
　　１０、刑法本身存在一些疏漏的問(wèn)題，如玩忽職守等案件的損失和后果如何量化問(wèn)題，對(duì)不可計(jì)算的后果怎么掌握等等，在司法實(shí)踐中往往不好把握，不利于懲治犯罪。實(shí)踐中我們遇到這樣一個(gè)案件：２００３年９至１０月，某縣林業(yè)局為所轄某鄉(xiāng)鎮(zhèn)下達(dá)了該鎮(zhèn)２００３年度的培植材采伐計(jì)劃１９２６．２立方米。２００４年元月４日，又下達(dá)了２００４年的培植材采伐計(jì)劃３２６０立方米。該鄉(xiāng)鎮(zhèn)將其中的２０５０立方米計(jì)劃分解到各村。元月１３日前，該鎮(zhèn)農(nóng)戶在自上而下逐極申報(bào)辦理采伐手續(xù)的同時(shí)，有部分農(nóng)戶違背林政管理規(guī)定進(jìn)行了采伐。該縣林業(yè)局發(fā)現(xiàn)后，隨即向全縣各鄉(xiāng)鎮(zhèn)及林業(yè)站下發(fā)了關(guān)于禁止采伐天然林的緊急通知，同時(shí)，凍結(jié)了計(jì)劃暫停辦證，但是，由于縣林業(yè)局、鄉(xiāng)鎮(zhèn)及林業(yè)站監(jiān)管措施不力，對(duì)通知督辦落實(shí)不到位，指使該鎮(zhèn)部分砍伐行為仍在繼續(xù)，導(dǎo)致１１個(gè)村、１個(gè)林場(chǎng)自２００３年１１月至２００４年２月，共采伐培植材３４８０．７立方米，超批準(zhǔn)計(jì)劃方量１５５４．５立方米。事發(fā)后，該縣紀(jì)檢監(jiān)察部門對(duì)相關(guān)人員相繼做出黨內(nèi)及行政處分，各新聞媒體也對(duì)此事予以報(bào)道。該縣檢察院瀆職檢察部門欲對(duì)林業(yè)站相關(guān)人員以玩忽職守罪追究刑事責(zé)任。當(dāng)偵查監(jiān)督部門提前介入案件后，發(fā)現(xiàn)案件即有領(lǐng)導(dǎo)以發(fā)展經(jīng)濟(jì)為由而違背法律法規(guī)的行為責(zé)任，也有林業(yè)站的監(jiān)管不力的責(zé)任，各自的責(zé)任大小無(wú)法確定，加之具體損失無(wú)法量化，根據(jù)玩忽職守的犯罪構(gòu)成，此案無(wú)法以此罪追究刑事責(zé)任。