生物肥料（即細菌肥料）是重要的肥源之一。生物肥料與無生命的化肥、有機肥的施用方法有根本區別，現將幾種常用的生物肥料的施用方法簡介如下：

　　根瘤菌肥：適用豆科作物，一般用作拌種。每畝用廠制菌劑30一50克，加適量清水輕調拌勻（勿傷種皮）粘附于種子。要求隨拌隨播，忌干燥和陽光直曬。超過48小時應重新接種。播種后要立即蓋種。若播種時來不及用根瘤菌劑拌種，或作物出苗后發現結瘤效果差時，可在幼苗附近進行澆潑。如用經農藥消毒的種子，應在根瘤菌劑拌種前2-3周進行消毒。一定的豆科作物有一定的根瘤菌族，不能隨便使用。

　　固氮菌劑：除豆科作物外的各種作物，如水稻、小麥、棉花、甘薯、玉米、馬鈴薯、蔬菜等都可施用。可作基肥、追肥，或用夾蘸根、拌種。不能與強酸、強堿或有殺菌作用的農藥、肥料同時施用。也不能與大量氮肥共同施用，至少應相隔10天。但與有機肥、磷鉀肥混合施用，則有利于促進固氮菌的活性。每畝用量0.5-1公斤，先用清水將作物種子拌濕，撒上菌劑拌勻，最好先與麥糠、碎玉米和磷肥等配成營養液，再將種子倒人拌勻。追肥時可與土糞拌和溝施或穴施在植株附近。

　　抗生菌劑：能減輕作物爛種、爛根，提高出苗率，并能促進生長，促使早熟。對某些地下害蟲也有一定的抑制作用。麥類、豆類可用菌粉拌種。先將種子用水噴濕，每畝用菌粉30-50克，拌勻，也可將菌粉5-10份，混人餅粉10份、肥土100一300份的餅上肥粉中。作基肥或追肥，每畝用100-250公斤。稻田施用時，應將上述混合菌肥堆置4-7天后再用，與過磷酸鈣混合作種肥效果很好，可與殺蟲劑混用，但不可與殺菌劑混用，硫酸銨、硝酸銨、碳酸氫銨對其有抑制作用，施后10余天才能使用抗生菌肥。

　　磷菌劑。一般可分為兩種：一種是有機磷細菌，借助于細菌生命活動中產生的酶，使難以利用的有機磷轉化成能為植物利用的形態；另一種是無機磷細菌，通過它產生的酸，加強土壤中難溶性磷鹽的溶解。可作基肥、種肥（浸種、拌種或蘸秧根）、追肥。與有機肥，固氮菌劑、抗生菌劑混合施用，肥效最好。有效期一般從出廠時算起，夏季3個月左右，冬季6個月左右。

　　鉀菌劑：又叫硅酸鹽菌劑。應用范圍較廣，水稻、小麥、棉花、玉米、蔬菜等作物都能施用。用作基肥，每畝25公斤；用作拌種，每畝5公斤，拌和干細土調成稀糊狀拌種；用作追究肥，將菌肥20公斤拌和豬糞50擔，條施或穴施于播種溝內。施后應立即覆土，保持陰暗濕潤狀態。應在施用有機肥料和無機肥料的基礎上，結合其它各項栽培措施，如及時排灌、中耕松土等；使土壤水分適當，通氣良好，創造有利于微生物的生活環境條件。