藏族醫藥學具有兩千多年的悠久歷史，是藏族光輝燦爛文化的組成部分之一，過去這不僅對藏族人民繁衍生息、防病健身作出了巨大貢獻，既使在科學技術日新月異迅速發展的大潮前，藏族醫藥學面臨或衰亡或發展的兩種命運。現在我們應該認真思考以下幾個重大問題，是一味地頑固堅持藏族醫藥學的傳統來迎接時代發展的挑戰，還是面向世界、面向現代，面向未來，走向新的道路。為未來藏族醫藥學的前途和命運作出科學的估量，這是時代付于我們的光榮任務。
　　一、藏族醫藥學基礎理論的危亡和發展機遇
　　由于西醫診療理論在藏區普及，藏醫診療理論與現實之間存在的矛盾更加突出，特別是西醫解剖學、生理學的普及，使藏醫的三因學和藏藥學的理論受到嚴重沖擊，故應對藏醫藥學進行全面探討。我以為現在應拋棄對現實存在問題回避的心態，應拋棄滿足于過去的偉大成就，滿足吐蕃王朝時的光榮的心態，真正面向現實存在，對藏族醫藥學理論與現實狀況間的關系進行科學的闡述，這是將藏族醫藥學理論從危亡中解救的主要途徑。
　　當前我們所聞所見的不少論文中，有的作者只看到藏族醫藥學過去的光輝成就和無法勝數的醫學典籍，宣稱藏醫是內容豐富的偉大寶庫、是集聚了所有醫學精華的甘露寶藏；有的專家學者，其專著像身處天國善見城中不惜人生時光和筆墨紙張探討奧義，對《脈經注釋》、《尿經注釋》進行再注釋。但是事實上沒有人否認藏族醫藥學是一個偉大的寶庫，也不可能被否認。如果過分的自我夸耀，只會處于漢族諺語“王婆賣瓜”的境地，不會產生任何好處。在今天信息時代所面臨的問題是如何發揮我們藏族醫藥學的功能和效益，如何使其與時代相適應而發展。功能和效益能否發揮的關鍵取決于是否符合科學。一般只據《四部醫典》中關于“三因”在人體中形成、位置、度量和功能的論述，而認為“三因”是人體中真實存在的器官，這會造成與現代解剖學、生理學相矛盾。“三因”是什么？三因學與解剖學，三因學與生理學之間存在什么樣的關系，這是當前須探討的主要課題。為了全面、深入地分析三因學，首先要從傳統觀點的禁錮中解脫出來，用新的思維全面地對面臨的各種問題進行闡述。
　　三因不是四大種之風（隆）、臟腑之膽（赤巴）、土水之培根，它是認識和解釋外界物質的本質的一種特殊辯證認識方法，內外界事物的性質即本質形式各不相同，但用表示三大系統概念的詞語去分析觀察，三因與機體機能間的問題都能得到解決。在表示病理時并不是說隆病就是輕、糙，赤巴病就是膩、銳，培根病就是膩、柔等，而從病理和癥候的本質上來說，凡具有糙、輕、寒、滑、稀、動等性相者稱為隆病，凡具有膩、銳、熱、臭、瀉、濕等性相者稱赤巴病，具有膩、涼、重、鈍、柔、穩、粘的相性者稱為培根病。同樣關于機體構成和機能方面達布達娃堅贊說：“與七種觸覺功能相對應，都命名為隆、赤巴、培根名”。機體器官呼吸時幾個功能活動稱之為隆，感覺饑濕的幾個功能活動稱為赤巴，穩固機體和心神的幾個功能活動稱為培根。根據機體器官功能的活動而提出的三因系統學說是我們藏族醫藥學理論的一種特殊表述形式。傳統的三因系統觀點能正確地解釋和反映機體器官錯綜復雜的活動。三因是對機體的器官的功能進行綜合概括的通稱。離開機體和器官功能，不存在所謂的隆、赤巴和培根三種實際存在的器官或組織。
　　反映機體器官機能綜合性的三因系統不是孤立存在，而它們之間具有依存關系、定量關系、對立關系。
　　關于依存關系在《四部醫典》中說：“隆位于骨骼中，赤巴位于血汗內，其余各部存培根，互為依存維持情。”隆、赤巴、培根三者如親兄弟的比喻，能形象地詳釋其依存關系。實際上三因的依存關系就是機體的器官組織功能間的關系。《四部醫典·論述部》中說：“攝入飲食首先由拌攪培根磨碎和腐熟，其后消化赤巴消化并分解，最后平火隆來分清濁。”此概括食物消化整個過程中三因的功能的論述可理解為現代西醫人體生理學中關于胃的蠕動、消化液的各種酶素、膽汁的作用及腸內膜的吸收功能的論述。概括說三因的依存關系是系統與系統間的關系，詳細說是細胞與細胞間的關系。
　　三因之間，或者說機體器官的功能之間存在互相依存的關系外，還有定量關系。“隆的定量是自身的—膀胱，赤巴的定量是自身的—陰囊，培根的量是自手棒量”中所說的定量，是指與器官及組織的功能而言，故應理解為器官及組織正常的標準量。隆的定量是自身的—膀胱，是指屬于隆的系統中的器官及組織的正常量而言。如心臟每分鐘跳動七十五次是心臟器官跳動的正常量。《四部醫典》中所說：“培根依次于腦住上方，赤巴依存于肝膽住中間，隆依存于髖腰住下方”，表明了三因所處的一定位置，是指綜合器官功能的三系統范圍的主要功能，不應理解為隆一定位于下方、赤巴一定位于中間、培根一定位于上方。
　　三因的對立關系是三因的依存關系和定量關系的基礎上形成的一種特殊關系。如培根屬寒具有水的性質，赤巴屬熱具有火的性質，從培根和赤巴的本質上來講，二者間存在著不可調和的矛盾。實際上培根中存在赤巴，赤巴中也含有培根。
　　傳統的藏醫三因學思想與西醫人體生理學之間的矛盾，是由于觀察人體生理機能所研究的著眼點即觀察角度不同而造成的。三因學將由人體生理運動中所產生的共同功能表象作為主要研究對象來解釋人體生命活動現象，而西醫人體生理學將器官及組織的構成和其功能活動狀態作為主要研究對象來解釋人體生命活動現象。如藏族醫學依據呼吸運動的外表現象，認為這是維命隆的功能；西醫人體生理學依據呼吸器官組成及功能活動狀況，認為它取決于呼吸系統的肺和呼吸肌肉功能。這兩種論點大體上來看是矛盾的，但研究的最后結論是一致的，這是因藏醫學將外表現象作為研究的主要對象，西方醫學將產生功能運動的基礎（器官和功能）作為主要研究對象而形成的。正如論述人時，會說話，能從事各種勞動的是人；由血肉等各種細胞集聚而形成的任何具備發達頭腦、特殊智慧的補特伽羅才是人，這兩種論式，其最后的結論是指人一樣。
　　藏族醫藥學理論是解釋人體和疾病同體外所顯示的癥象的一種信息學，不是表述物質機體和器官功能如何形成的理論。比如只能將下泄隆理解為司理大小便和精血的排泄與控制、司理胎兒分娩等方面的機體運動共同現象，實際上不存在下泄隆這種器官或組織。
　　（一）藏醫理論的信息學性質

　　我們將與藏族醫藥理論相關的癥象稱之為表象信息，將實體與癥象間的關系稱之為表象關系，故藏醫理論可認為是統率表象信息和表象關系的一個巨大信息系統。藏族醫藥學理論與客觀存在間是否有矛盾，主要取決于其理論統攝的信息與實體間關系是否可信。
　　對統攝信息的形成從發生學說，從內成因和外成因。內成因是指對疾病診斷醫療實踐中得到的經驗進行分析研究而形成的理論。它是從醫療實踐范疇中產生的，故稱之為內成因理論。《四部醫典·論述部》中云：“隆盛癥象干黑喜溫暖，身顫腹脹大便滯。”又云“隆衰癥象力衰言微身不適，神志不清又生培根增盛狀。”以三因盛衰實象為例，隆盛癥狀與其所屬的肌膚干黑的兩種癥狀相吻合的診治，就是用信息學說的診治。它是醫療實踐過程中產生的，故稱之謂內成因理論。所稱其為內成因理論因它是對醫療實踐過程中產生的信息進行了分析和歸納的基礎上形成的，故容易解釋醫療實踐中出現的所有問題。例如，在醫療實踐時，對胸部滿悶、神志不安、亂語、頭暈、連連噓氣的病狀，按傳統藏醫理論，認為是隆癥心風病，對治藥物應是八味沉香丸、仲孜八味沉香丸、五味石榴散。醫療實踐中按傳統的觀點認為神志不安是隆的性相中輕和動的成分亢盛，胸部滿悶、心悸過猛、亂語等癥候是隆即風入侵入心和命脈，其對治法則應使其服用息隆即息風的八味沉香丸等能取得良好效果。當代西醫治療理論中，無隆即風入侵心和治療息隆即息風的說法，但按藏醫理論對隆癥心風病治療中施以息隆即息風的治法，定能取得良好療效。按邏輯學所說存在都是合理的思想，它符合客觀物質存在的規律。總之很明顯藏醫理論與現代西醫學在治療時嚴謹以據癥候的理論其落腳點是一致的。
　　與內成因并存的外成因也是藏族醫藥學組成的主要部分。藏醫的生理學、診斷學和藥理學中都吸取和發展了外成因理論，更多的吸取和發展了五大種理論，使其與藏醫學的基本理論緊密結合。由于藏醫學中吸取和發展了這些理論，一方面藏醫學在醫療實踐中遇到的疑難問題得到解決，另一方面藏醫中采用了這個理論的基本思想，觀察了人體、疾病與外界環境間的關系，并總結了經驗，內成因與外成因理論渾然連為一體。　　
　　（二）藏醫學診療理論是醫療實踐與古代哲學相結合的結晶
　　用三因學和五大種學收集和總結了對人體和疾病癥候觀察中所得的經驗知識，創立了具有藏族特色的醫療學體系。這個體系主要對人體與外界間復雜關系和制約情況進行觀察，堅持人體與外界環境是統一體的思想。藏醫的統一體思想在世界醫學中是特色突出的醫學之一。
　　三因學不僅堅持與總體相關的人體生理學和病理學中機體器官組織的功能運動和病變間的統一體的思想，還堅持機體與外界環境間動態平衡的思想。按三因學的思想，認為人體生命運動和質量主要取決于人體器官間、器官組織與人生活的外界環境間的關系能否動態平衡。如心臟功能發揮狀況。不僅取決于心與肺、心與肝、心與腎等器官間關系的質量，甚至還取決心與外界社會環境、氣候、空氣等。醫典中指出造成心臟病（心風病）原因是悲痛、思慮過度、生氣發怒、聞聽不悅之言、驚恐等，一個人想要健康正常生活，主要不僅取決于此人的所有機體器官和組織、功能的發揮狀況，還取決于此人的身體、思想、生活起居、社會環境等。《四部醫典·論述部》中說：“時季五官（器官）起居味與性，劣反盛時皆為致病源，正常之時無病健康因。”特別是指明三因（蓄積、發作）的因素時說：“春季之時輕揚并粗性，環境飲食起居皆相類，雖聚隆漸不起發，夏時雨風生寒將發病，秋季潤膩溫得平息。”從這個論述中可以得知三因蓄積、發作、平息與外界環境的緊密關系。將藏族醫藥學中關于情（人）器（外界物質環境）世間平衡（生態平衡）和整體統一的思想與當代創建的生物心理學醫學模式相對比，可以發現很多共同處。１９４８年發表的世界衛生組織章程的前言中說：身體健康是指人體所處的自然界、心理和社會等都處于和諧狀態。它將人身所處的自然界、心理和社會等之間的關系以章程的形式確定下來。生物醫學或稱之為結構醫學的論點趨向越來越走向光明，故顯而易見藏醫學的整體思想的應用價值。